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詹姆斯·泰比里厄斯·柯克的人生导师克里斯多夫·派克将军，也在此次袭击中亡，对可汗痛恨不已的柯克遂自荐，请求库斯上将恢复他企业号星舰舰长一职，前往克林贡帝国克罗诺斯星抓捕可汗。

星际联内已经安宁许久，四十二人死亡的爆炸事件足以引起全面关注。爆炸发生后，照联舰队的规章条例：联星际舰队的设施受到袭击时，级指令会召集星舰舰长和大副们到旧金山市的星际舰队总，在急会议室召开急会议。

已经熟悉联星际舰队规章条例的可汗早就计划好了一切，就在所有人以为他在逃避星际舰队的追捕时，他偷取了一艘没有曲速航行能力，防守不严的普通逃生飞船，并行了武装，直接杀到了旧金山市的星际舰队总。已经习惯了使用星际战舰战，早就忘却了近刺杀的联舰队的层指挥官们，就在这间急会议室内遭到了可汗的屠杀。

在清理坠毁的逃生船残骸时，企业号星舰的机长斯科特发现了里面的便携式空间扭曲传送，从而找到了可汗的藏之。而星际联正与克林贡帝国于敌对状态，联的星舰哪怕只是接近克林贡帝国的地盘，都会挑起全面战争，星际舰队本无法冒着挑起战争的危险去追捕他。

于是，事情的发展开始偏离库斯的计划。

为了让自己的女儿远离病的折磨，军官毅然答应此事，在亲见到血起效后，军官带着制作一枚戒指的超级炸弹，在可汗的一路监视下了31区。很显然，可汗以军官女儿的安危威胁他，刺杀一个人对可汗来说实在是太容易了。

一个父亲为了自己的女儿铤而走险，并且搭上了许多人的命，这样的行为即无私又自私。无私是因为他本不在乎自己的命，自私是因为他救一人却杀死了四十二人。

可汗答应用自己的血救活军官的女儿，而军官则为可汗炸掉31区分，并给库斯上将发一份邮件，宣布可汗与联星际舰队之间于战争状态。

但早有准备的可汗，使用便携式空间扭曲发逃离了地球，直接抵达了克林贡帝国的一颗星球——克罗诺斯星上的无人区内。

而早就想除掉心大患可汗，并名正言顺的和克林贡帝国开战的库斯上将则顺推舟，答应了詹姆斯·泰比里厄斯·柯克的请求。在派企业号星舰的同时，库斯上将为企业号发了七十二枚31区研制的最先光鱼雷。库斯上将命令柯克驾驶企业号，在联和克林贡帝国的中立区边缘，向哈里森在克罗诺斯星的藏发光鱼雷，将哈里森轰杀。

，可汗找到了一个在31区工作的星际舰队文职军官。这位军官有着一个患重症，即便以星际时代的医学也无法治愈的女儿。而作为基因改造人的可汗，拥有着细胞重生的能力，而他的血更是万能良药，可以将这能力带给受血者，治愈任何疾病。可汗很清楚一个人会为了自己的亲人付所有，于是他跟这位军官达成了协议。

在库斯看来，一切都是这么完，即消灭了心腹之患可汗，又能掀起期望已久的战争。可惜，詹姆斯·泰比里厄斯·柯克的风格就是不走寻常路，他决定不用光鱼雷消灭可汗，而是亲自带领一支先遣登陆队，登陆克罗诺斯星的无人区抓捕可汗。

大批的星舰舰长和大副死去，让可汗一心恨，然而还不等他杀掉罪魁祸首库斯上将。一向不走寻常路的詹姆斯·泰比里厄斯·柯克手了，被剥夺了企业号舰长一职，降为大副的柯克也恰好来此开会。在使用来福相位枪攻击逃生船无效后，柯克用消防栓毁掉了逃生船的气装置，而使逃生船坠毁。

其实，老辣的库斯上将没有表面上那么好心，七十二枚光鱼雷的内，藏着可汗的七十二个族人，既然可汗想要跟自己的族人团圆，那就让他们一起下地狱。而且，库斯上将派人暗中破坏了企业号星舰的曲速心，设定在中立区边缘发生故障。当光鱼雷爆炸后，克林贡人必定前来搜查，届时发生故障的企业号无法行曲速航行逃走，必然会被克林贡人抓个正着。发现联向帝国发光鱼雷后，克林贡帝国和联之间必然爆发大战，早就等着这一战的库斯上将，则会照计划实行联星际舰队军事化。